Sekolah Kebangsaan Lembah Jaya mula di bina pada 15 Februari 2002 di kawasan seluas 4 hektar di Kampung Lembah Dener.
Nama Sekolah Kebangsaan Lembah Jaya diinspirasikan oleh hasrat Penolong pegawai Pendidikan Daerah Setiu, Tuan Haji Romeli bin Ismail yang ingin melihat kecemerlangan pendidikan berterusan di daerah ini.
Nama sekolah ini dicipta sebagai merealisasikan aspirasi beliau untuk menjadikan Setiu sebagai daerah no satu di Malaysia dalam bidang pendidikan.
sekolah ini memulakan sesi persekolahannya pada 4 Januari 2004. Sekolah ini mngorak langkahpertama dengan 6 buah kelas iaitu dari tahun 1 hingga tahun 6. Seramai 189 orang murid. 15 orang guru serta 3 orang kakitangan sokongan merupakan warga sulung sekolah ini. Guru besar pertama Sekolah Kebangsaan Lembah Jaya ialah en. Mohd Tarmizi bin Haji Selamat.
Pengerusi Persatuan Ibu Bapa dan Guru (PIBG) yang pertama ialah En. Samion bin Salleh merangkap Penolong Pegawai Daerah Setiu.
Pembukaan sessi persekolahan dirasmikan dengan kehadiran Timbalan Ketua Pengarah Pelajaran Sekolah(Jabatan Sekolah) iaitu Yang Berbahagia Dato' Haji Kusaini Bin Haji Hasbullah.
